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隨著高校招生規(guī)模的擴大和學科建設的發(fā)展，過去以系、教研室為單位的行政管理模式已經(jīng)逐步轉變?yōu)橐栽骸⑾禐橹鞯墓芾砟Ｊ健Ｐ姓芾砟Ｊ降母淖儯瑢Ω咝炔康念I導體制提出了新的要求。鑒于此，部分地方黨委明確在高校院系實行黨政共同負責制，建立與行政職能變革相適應的黨的組織機構，使黨組織既能發(fā)揮組織領導和監(jiān)

督保證作用，又能使行政部門放手大膽地開展工作，黨組織與行政分工負責，共同承擔起領導院系工作的重任。

高校院系二級行政管理模式，以及與之配套的黨組織的建立和完善，在實踐中發(fā)揮了較好的作用，但仍然存在不足：定位不明確，缺乏對自身政治核心地位的認識。《中國共產黨普通高校基層組織工作條例》指出：高校院系黨總支應在學校黨委領導下發(fā)揮“政治核心”和“保證監(jiān)督”作用。院系級及其以下黨的組織是黨委領導下的校長負責制的領導體制中的重要組成部分，是黨在高校的全部戰(zhàn)斗力的基礎。然而在實際工作中由于沒有程序性的規(guī)定,使得基層黨組織的工作角色難于把握,工作開展的情況往往受黨政主要領導的個人素質、相互關系等因素的影響。從工作運作情況看,既存在黨組織大包大攬、黨政不分的現(xiàn)象,也存在黨政分離、缺少溝通的現(xiàn)象,黨建和思想政治工作未能有效地融入到教學、科研等業(yè)務工作之中,有的甚至把黨建和思想政治工作視為額外的負擔。組織不規(guī)范，缺乏系統(tǒng)完善的組織體系結構。目前,高校院系基層黨組織的設立總體上按照黨總支（分黨委）——黨支部——黨小組的縱向層次構建。黨員管理分為教工與學生兩類，歸屬上基本按照院系行政機構的設置劃分。但在現(xiàn)實工作中院系黨建的力量不平衡，黨組織之間缺乏橫向的聯(lián)系與溝通。人員不精干，黨建和思想政治工作隊伍的戰(zhàn)斗力有待加強。當前,高校院系基層黨政工作的建設不平衡,院系行政負責人大多是由一定學術地位的教師擔任,而黨組織負責人的學術地位相對較低。各單位對行政負責人的選拔和培養(yǎng)抓得比較緊,而對黨組織負責人的選拔和培養(yǎng)抓得比較松,存在著“一手緊,一手松”的問題。效果不突出，黨建內容、形式與方法缺乏創(chuàng)新。目前，高校院系基層黨組織普遍存在著組織生活方式單一,質量不高,效果不佳的現(xiàn)象。個別基層黨組織甚至敷衍了事，存在重行政科研，輕黨務活動的傾向。

院系黨組織是貼近一線的基層組織，加強院系黨組織的建設是高校黨建工作的重點，也是高校完成各項教學、科研任務的基礎和保證。為此，要明確定位——建立院系黨組織的目標導向機制。高校院系黨組織是黨在高校的基層組織，是本單位的政治核心，承擔著為推進院系改革與發(fā)展提供組織和思想保證的重要職責。一是要統(tǒng)一思想，成為廣大基層黨員精神上的歸宿地，要切實加強先進性建設，成為構建和諧校園的主導力量。二是要明確權責，成為院系各項工作的支撐點。黨的工作要把著力點放在把握方向，整體規(guī)劃，監(jiān)督落實上，要為行政工作提供強有力的支持和保障。要科學布局——構建院系黨組織的科學結構機制。院系黨組織作為黨在高校的基層組織，其布局結構要科學合理。要結合學校實際，逐步采取矩陣式的職能布局，理順隸屬關系。黨支部應建立在能夠相對獨立完成教學、科研任務的工作實體上,盡可能與行政組織相對應，以便于上下之間，橫向之間的溝通與合作。要強化隊伍——形成院系黨組織的隊伍建設機制。要使院系黨組織建設走上制度化軌道。首先是責任機制。要明確院系黨組織班子的工作職責,做到各負其責,齊抓共管,并要建立責任追究制。其次是目標機制。要根據(jù)院系黨組織建設的任務,實行目標管理,按照“細化、量化、科學化”的要求,合理確定工作目標,把“軟任務”變成“硬指標”。再是考核機制。建立定性與定量相結合的考核制度,定期考核,加強督察。四是激勵機制。表彰先進,鞭策后進,形成爭先創(chuàng)優(yōu)的良好氛圍。要注重實效——落實院系黨組織的創(chuàng)新發(fā)展機制。院系黨組織工作要取得實效，就要在創(chuàng)新發(fā)展機制上下功夫，要研究新情況,解決新問題,消除“空白點”,不斷擴大工作的覆蓋面和影響力、凝聚力。一是要創(chuàng)新工作方法。由直接向間接轉變，由人治向法治轉變，由憑經(jīng)驗辦事向按章程辦事轉變。以教學科研為中心、以主體活動為抓手，探索新路子。二是要創(chuàng)新工作內容。圍繞全體黨員和群眾共同關心的熱點問題開展多種形式的交流研討，以網(wǎng)絡信息化手段豐富黨建內容，將黨建內容融入到教學科研實際工作中。努力使黨組織的工作方法和內容緊跟時代和形勢發(fā)展變化步伐，提高解決新問題的能力，提高黨組織工作實效。