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《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006——2020年)》規定了全面推進中國特色國家創新體系建設的重點之一，就是要建設各具特色和優勢的區域創新體系。區域創新體系的建設可以從不同方面推進區域經濟的協調發展。

1、區域創新體系必須為國家創新體系服務，為區域協調發展服務

區域創新體系是國家創新體系的重要組成部分和重要基礎，是國家創新體系在區域層次上的延伸，國家創新體系必須依靠區域層次上的創新來支撐。對于我們這樣一個內部差距比較明顯的大國來說，建設區域創新體系尤其重要。

區域創新體系建設既要服務地方，又要為建設國家創新體系服務。必須站在國家戰略的高度，遵從國家創新體系的整體設計，把提高區域創新能力與實現國家目標、完成國家任務、完善國家創新體系結合起來，作為建設國家創新體系的重要內容，通過創建區域創新體系來逐步健全和完善國家創新體系。

2、建設區域創新體系必須形成區域協調機制，重視區域分工合作

實際上，建設區域創新體系與發展區域經濟是完全一致的，要打破行政區劃的界限所形成的制約，更加重視和努力擴大區域內在的經濟和科技聯系。建設跨行政區域甚至跨省級行政區域的區域創新體系，其中特別重要的是要建立起服務于區域創新的協作網絡,推動地區之間的科技交流與合作；按照優勢互補、利益共享的原則,鼓勵和引導企業、科研機構、高等學校以及社會各類科技資源進行整合；組織實施跨行政區的科研開發和產業化工程項目；引導各級各類人才和生產要素跨區流動。

3、建設區域創新體系必須與產業發展相結合，發揮產業集群的協調作用

建設區域創新體系必須發揮已有的區域特色和區域優勢，特別是重視產業優勢，與產業集群的發展相結合，因為創新最后要靠產業發展才能實現經濟和社會效益。創新不能是孤立的行為，需要與外界大量交換信息，因此創新是與環境聯系在一起的。產業集群是企業創新的一種生態系統，客觀上帶有區域特征，是區域創新體系的建設基地。

4、建設區域創新體系必須以政府為主導，充分發揮市場機制的作用

根據《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006——2020年)》，國家創新體系是以政府為主導、充分發揮市場配置資源的基礎性作用、各類科技創新主體緊密聯系和有效互動的社會系統。區域創新體系是國家創新體系的重要組成部分和基礎，同樣應該堅持政府主導，充分發揮市場機制的作用。

地方政府具有貼近企業貼近市場的優勢，要在區域創新體系建設中發揮主導作用，成為區域內制度變革和區域性調控的主體，特別是發揮不同地區在形成相對統一的區域市場和區域創新服務平臺等方面的協調功能。