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建立科學、規范、可操作性強的稅收制度是新時期稅制建設的發展方向，更是市場經濟發展的客觀要求，而現行的增值稅政策由于出臺時的客觀經濟條件制約，以及實際經濟生活的快速變化，使得操作者在實際執行過程中碰到了以下難點：

一、增值稅的銷售折讓及銷貨退回政策在執行中有難點。在稅收檢查中發現，有的企業在業務過程中由于貨物在發送途中的短少或毀損（正常損失之外的部分），會導致企業貨物的增值稅發票原開票數與實際數不相符合，為減除票物不符的部分，按照稅法規定購貨方就必須到稅務部門去開具銷貨折讓證明單，憑此作為購貨方扣減進項稅和銷貨方沖減銷項稅的憑據。而“證明單”的開具由于是既涉及到供貨方又涉及銷貨方的行為，這樣企業如果要開具一份證明單就要同時出具相關的證明材料，否則稅務部門就會拒絕填開。而由于企業的業務過程是連續發生的，有時并不好斷定是那一筆業務發生的折讓，所以也就無法提供相關準確的資料，由此導致無法索取“證明單”。再加上稅務部門的服務有時并不是十分到位，或者程序比較復雜，也使得企業之間有時為了圖省事而不開具“證明單”，相互之間僅由受貨方把退貨和折讓的部分開具正常的增值稅專用發票給原銷貨方作為銷貨方付款和抵減銷項稅及購貨方提取銷項稅沖減原進項稅的憑證。這樣事實上銷貨方、受貨方都沒有使得國家稅收有所損害，而卻方便了納稅人之間的業務開展，其唯一不夠合法的地方就是好象沒有貨物的轉移和購銷行為，這一點從稅法的角度而言似有虛開發票的嫌疑，而從實際征管效果上看并沒有偷稅的實際發生。這樣在實際執行中如果認定企業偷稅卻沒有偷稅的具體數額，如果認定其虛開發票卻又有正常的業務往來。因此這樣的稅收政策給實際執行帶來了困難。另外,在全部實現電腦版專用發票以后,企業必須每月將取得的專用發票到國稅機關進行認證,因為只有經認證的專用發票才能夠抵扣稅款,所以當發生以上情況時,勢必會產生以下后果：1.影響專用發票信息采集的準確性.2.增加國稅部門對專用發票的控管力度.3.增加征稅和納稅的雙方成本.

二、由于現行的增值稅一般納稅人的門檻太高（特別是商業企業稅法規定須為年銷售量達180萬元的企業）。這客觀上就使得實際經濟生活中的一些經營規模達不到法定標準的企業，為保住一般納稅人的資格，而尋求相互聯合成立一個實體，借重相互的銷售量以取得一般納稅人的資格。因為一般納稅人的稅收負擔在某種程度上相對于小規模納稅人要輕，且有時更有利于業務的開展。而事實上這數個經營實體在經濟核算上其內部又是各自獨立的，他們獨立設置帳簿、獨立核算，只是在對其外部報稅上統一合并報表，以對付稅務機關的檢查。這樣的做法符合稅法的要求，但看起來卻不夠合理。是明顯的繞過紅燈的做法，好象是給增值稅一般納稅人的認定工作開了一個不大不小的玩笑。同時,這些經營實體之間,由于經營業務互不相通,業務過程互不通氣,這樣勢必產生購買接受虛假專用發票抵扣稅款的問題.此外,還為個別別有用心的開票公司的存在提供了可能.這就是眾多小規模納稅人為業務開展的需要掛靠開票公司的根源所在.一定程度上說是現行不合理的政策使然.

三、由于新開業企業在增值稅一般納稅人的認定上沒有銷售額的比照參考。這就使得一些在稅務資格年審中未達到的原一般納稅人的資格，紛紛采取注銷原稅務登記，然后再重新申請新的稅務登記的辦法，以繼續取得一般納稅人的資格，從而規避一般納稅人的資格年審.相關手續符合新辦一般納稅人企業的條件,稅務部門就必須對其認定.否則,就是未按規定執行政策.而這樣的認定結果,明顯的存在問題,但它符合相關的認定政策,作為主管稅務機關又不得不違心的予以認定.這是明顯的繞過紅燈的做法.面對這樣的情況稽查部門處理起來,感覺無從下手。管理部門也很無奈.

四、工商與稅務法規落后于實際的經濟活動。在稅收檢查中發現，企業之間由于資金周轉困難，相互之間以貨易貨的情況經常發生，如果是正常的貨物交換雙方之間直接開具增值稅發票就可以了。而對于以汽車這種特殊商品抵債的，按照現行工商法規的規定是限定的企業經營行為，如果企業的營業執照上沒有此項經批準的營業項目，那么企業經營汽車是違反工商法規的行為。同時，按照現行稅法的規定，企業銷售汽車必須開具汽車銷售專用發票，并且還需憑此專用發票才能夠到公安車管部門辦理車輛的入戶手續，否則公安車管部門會拒絕辦理行車執照。但是,如果既開具專用發票,又開具汽車銷售專用發票,就又違反了發票管理的相關規定.但是,不開具增值稅專用發票受貨方不能抵扣進項稅,他們絕對不會承擔這樣的損失.另外,一些擁有抵債汽車的企業大部分都沒有汽車的經營權，同時也沒有汽車銷售專用發票，如果向外再抵債或銷售，開具增值稅發票的話，就違反了工商法規的規定。由于他們沒有汽車的經營權，也就無法開具汽車銷售的專用發票，這樣給汽車的購買者車輛上戶帶來了困難。對此，實際的稅收征管面臨著兩難。

以上列舉的四種現象只是筆者在從事稅務檢查工作中碰到的一些有時看似合乎稅法的要求但又不近合理、有時看似合理但又不近合法的問題的一部分，這些問題的存在無疑會給實際的稅收征管與檢查帶來困難，使實際的稅收政策執行難免不走樣。其后果將導致對稅收政策的執行偏離軌道,危害國家稅收的尊嚴.二是影響國家稅收的正常征收入庫，使稅法的嚴肅性受到損害。對此期望引起決策部門的注意，以利實際稅收征管，保證執法活動的規范。