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由于知識產權侵權行為的特殊性，權利人在訴訟中較多地運用到公證取證手段。根據我國法律的規定，證據效力是公證書的最基本的效力，是指公證書是一種可靠的證據，具有證明公證對象真實、合法的證明力，可直接作為認定事實的根據。我國《民事訴訟法》第六十七條規定“經過法定程序公證證明的法律行為、法律事實和文書，人民法院應當作為認定事實的根據。但有相反證據足以推翻公證證明的除外”。《關于民事訴訟證據的若干規定》第九條亦有類似規定。根據這些規定，除有相反證據并足以推翻公證證明的情況外，公證書具有絕對的證明力，是人民法院可以直接采信的證據。

我國1982年頒布的《公證暫行條例》第三條對公證處的性質規定為“公證處是國家公證機關”，賦予了公證書以國家公信力，這使得不少人將公證書的效力絕對化。已于2006年3月1日起施行的《公證法》對公證處的性質在第六條重新界定為“公證機構是依法設立，不以營利為目的，依法獨立行使公證職能、承擔民事責任的證明機構。”同時關于公證效力在第三十六條規定“經公證的民事法律行為、有法律意義的事實和文書，應當作為認定事實的依據，但有相反證據足以推翻該項公證的除外。”這些規定體現了公證的非營利性、獨立性、社會中介性以及享有公共權力的公證性質。法律行為、法律事實和文書經過公證證明之后，其真實性和合法性已被公證機關所確認，具有較強的證明力。公證的證明力來源于法律授權，公證機構及其依法作出的公證具有較高的公信力。

公證書制作的嚴謹法律程序是公證書具有特殊證據效力的根本原因。公證優于私證的原因，主要不在于它代表國家的證明，而是因為，通過嚴謹的法律程序，公證更具有客觀反映事實的作用，因而更加令人信服。歸根到底，國家職權——證明權的權威，最終都必須通過公證人員嚴格按照法律程序辦事得以體現。所以，大多數國家都將公證作為一種社會公共活動，與國家行為明確區別，國家對公證行為行使監督，設定嚴格的行為規則，但國家并非作為該活動的行為主體。也因此，公證書的特殊證據效力與公證員的法律專業水平及公正、理性的職業道德準則密切相關。我國的現狀是公證人員的責任心、業務能力極不平均，公證程序中的合法性、嚴謹性水平參差不起，導致有的公證書在事實證明上的公信力備受質疑。

對于公證效力的爭議的訴訟解決機制，《公證法》第四十條規定“當事人、公證事項的利害關系人對公證書的內容有爭議的，可以就該爭議向人民法院提起民事訴訟。”即當事人、公證事項的利害關系人對已生效的公證書發生爭議，可以提起民事訴訟。也就是說當事人、公證事項的利害關系人對已生效的公證書公證的事項發生實體權利義務爭議，可以以其他當事人為被告提起民事訴訟解決其實體爭議。在法院的審理中，公證書所證明的公證事項被法院作為認定事實的依據，則公證書有效，反之，公證書自然失效或部分失效。在國務院提請審議的公證法草案第三十四條第二款曾規定：“公證當事人及公證事項的利害關系人對公證機構撤銷或者拒絕撤銷公證書有異議的，可以向人民法院提起民事訴訟。”公證法草案審議和征求意見的過程中，這一款的規定有不少反對意見，認為當事人、利害關系人對公證事項發生爭議，通常是對他們之間的權利義務有爭議，這一爭議可以提起民事訴訟予以解決。如果規定一個以公證機構為被告而請求法院解決公證書效力問題的訴訟，當事人、利害關系人的爭議仍須再提起一個訴訟最后解決，當事人要起訴兩次，法院也要審理兩次。這種制度設計是不經濟、不科學的，也是沒有必要的。將公證效力的認定作為一個單獨的民事訴訟，我國民事訴訟法也沒有規定。基于如上考慮，對于設置此項單獨訴訟程序的規定，沒有采納。十屆全國人大常委會第十七次會議通過的公證法刪去了前述規定。

在知識產權案件審理中，公證書依法具有當然的證據效力和優勢證明力的同時，對公證書所證明的相關事實也還應當具體問題具體分析，結合其他證據全面把握案件事實。對于相反證據的理解，筆者認為也不應當拘于對方當事人向法院提交的相反證據，而是案件中所出現的、與公證書證明事實相矛盾的證據。人民法院審查公證證明時，審點應是當事人是否具有推翻公證證明的相反證據，該證據是否充分，是否足以推翻公證證明。如果當事人沒有相反的證據，或者該證據不足于推翻公證證明，人民法院只經過形式審查，即可直接認定公證證明的效力。