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新《企業所得稅法》實施逾半年，其整體降低內資企業稅收負擔水平、促進地區間稅收政策環境公平的積極意義得到普遍認可，但也存在對原稅制固有弊病根除不徹底和新概念界定模糊、政策執行口徑不明確的問題。

一、由納稅人范圍調整引發的總分機構企業所得稅匯總征收問題

新《企業所得稅法》把以公司制和非公司制形式存在的企業和取得收入的組織，界定為企業所得稅的納稅人，這是適應經濟主體變化形式的必然選擇，符合國際慣例，具有前瞻性。但是有些問題依然沒有徹底解決，如跨地區總分機構的企業所得稅征管問題就是其中之一。

根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》的規定，對于因新《企業所得稅法》采取納稅人法人判定標準，而不再單獨繳納企業所得稅的分支機構，國家采取了新的匯總征管辦法。其稅款預繳和匯算清繳的主要方法是：第一，對所繳納企業所得稅被納入中央與地方共享收入范圍的跨地區經營總分機構企業，統一計算總機構和分機構全部應稅所得額、應納稅額。第二，將統一計算后的應納稅額在企業總機構和二級分支機構中按比例分攤后分別預繳。總機構按應納稅款的25%向所在地主管稅務機關繳納稅款，年終匯總清算后的收入由中央和總機構所在地按60∶40分享；按應納稅款的25%預繳至中央國庫，匯總清算后的中央國庫內企業所得稅收入60%為中央收入，40%由財政部根據20*年～20*年各地區3年實際分享企業所得稅占地方分享總額比例定期劃轉。各二級分支機構按以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各自經營收入、職工工資、資產總額三因素（權重分別為：0.35、0.35、0.3）分攤剩余的50%應納稅額，并向二級分支機構所在地稅務主管機關預繳稅款，收入由中央和分支機構所在地按60∶40分享。第三，年度終了后，總機構所在地稅務機關根據匯總計算的企業年度全部應納稅額，扣除已預繳稅款，多退少補。此方法的執行將顯著調節企業所得稅收入在地區間的分配，對解決地區間財力不均問題，提高分支機構所在地稅收征收管理積極性，均具有一定的積極作用。但是，在實施的過程中，這些方法也表現出一些問題，如果不加調整，將使其實際發揮作用大打折扣。

1．二級分支機構計稅和征收管理中存在的問題。

（1）仍未徹底解決分支機構利用自身稅收優惠條件轉移企業利潤，降低企業整體稅負水平的問題。我國實施法人企業所得稅制改革的一個重要原因，是用法人條件限制企業利用適用優惠稅率的分公司轉移利潤，減輕整體稅負的行為。《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》第十六條，對《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》相應部分進行了修正，將總機構和分支機構處于不同稅率地區的，由分別計算應納所得稅額、應納稅額，分別按適用稅率繳納，修正為先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。這兩種表述的本質區別在于后者限制了分支機構利用自身在低稅率地區，轉移處于高稅率地區總機構的利潤，減輕企業整體稅負，達到避稅目的的可能性。但是，這種修正實際上仍未徹底摒除企業利用分支機構優惠稅率避稅的可能性。由于采用以二級分支機構為單位計算應納稅額，三級及以下分支機構的經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構的計稅方法，那些二級分支機構處于稅收優惠地區而三級機構不應享受優惠稅率的企業，應納稅額將大幅減少。這種稅收征管漏洞的存在會導致企業扭曲自身組織結構，以達到避稅的目的。

（2）二級分支機構認定標準模糊。《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》第三十一條規定，總機構應在6月20日前將各分支機構當年應分攤稅款的比例填入《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》，報送總機構所在地主管稅務機關，同時下發各分支機構。那么，對二級分支機構的判定標準就成為稅企雙方關注的焦點。現對于企業分支機構層級的判定，沒有十分明晰的規定，沒有統一標準和監管措施，這將加大企業避稅的可能性。而第1年所確定的企業分支機構納稅體系，將對以后年度企業信息的真實性，產生重要的參考作用。制定科學的判定標準和可執行的監管措施已成為當務之急。

（3）特殊行業分支機構按三因素就地預繳企業所得稅不盡合理。從了解的情況看，生產企業實行分支機構按三因素就地預繳稅款企業所得稅的辦法，各地沒有太多的異議，但對建筑、房地產等特殊行業，按照經營收入、工資總額和資產的權重就地預繳企業所得稅，多認為不妥。建筑業、房地產業資產少、流動性強、周期短，很多注冊為分支機構的單位，其實質是借用總機構的資質，向總機構繳納管理費，總機構賬面體現的是管理費收入，當地稅務機關對其無法監控，總機構再按三因素向分支機構分攤應納所得稅額，顯然不合理。

（4）分支機構法律責任無法界定。新《企業所得稅法》將法人界定為納稅人，分支機構不構成納稅人。而《稅收征管法》的行政處罰條款只針對納稅人，因而對分支機構出現不按期申報預繳稅款等稅收違法行為，稅務機關缺乏相關的處罰依據。

（5）存在加盟店、掛靠單位等特殊分支機構的監管真空。實際生活中，有一些分支機構雖然是非法人分支機構，但往往只是掛靠總機構或者為取得總機構的某類行業資質，向總機構支付一定的管理費用，經營管理是完全獨立的。如果總機構在內部管理時并不把此類分支機構納入，且按三因素分攤稅款時也不將此類分支機構納入分配范圍，那么此類分支機構就處于無人監管的狀態。

2．跨地區總分機構匯總納稅執行中的征管問題。

我國的企業所得稅管理權和收入層次，以20*年企業所得稅收入分享體制改革為界線，分為前、后兩種情況。改革前，國稅系統征收中央各部門、各總公司、各行業協會、總會、社團組織、基金會所屬企事業單位的所得稅，金融保險企業所得稅，軍隊所辦的國有企業所得稅；地稅系統征收地方各級國有企業事業單位企業所得稅、集體企業所得稅、私營企業所得稅。改革后，2001年12月1日前企業所得稅的原征管機關不作變動，自20*年1月1日起新登記設立企業的企業所得稅由國稅系統征收；除少數特殊行業外，其他企業所得稅由中央與地方按比例分成，中央保證各地區達到2001年地方實際的企業所得稅收入基數，實施增量分成。新《企業所得稅法》實施，對國稅和地稅系統稅源劃分、中央和地方以及各地方之間企業所得稅實際分享收入，必然產生重大影響。由此帶來的兩套征管系統和地區之間利益博弈的問題不可避免，而跨地區總分機構的企業所得稅收入歸屬和征管權劃分則是問題的焦點。

實行法人單位匯總納稅后，在原有國稅、地稅系統征管管轄權不易界定清楚的問題上，又增加了總機構與分支機構主管稅務機關不一致的新問題。

（1）總機構主管稅務機關對各分支機構情況的了解不一定全面，在這種情況下所作出的決定，難免與真實情況不符，進而引發總機構、分支機構主管稅務機關之間的矛盾。

（2）分支機構涉稅事項等均由總機構稅務機關決定，在收入任務、管理事項等相關責權利不匹配的情況下，分支機構主管稅務機關失去管理的積極性。

（3）分支機構主管稅務機關無法對收入作出預測。實行《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》后，分支機構預繳的企業所得稅由總機構統一計算和分攤。分支機構所在地主管稅務機關對分支機構企業所得稅收入、稅收負擔、征管質量等都無法考核，因而無法預測今后每年的收入計劃數。

（4）稅務機關對總分機構的情況難以全面了解，稅務檢查（稽查）的難度加大。由于總分機構大多是跨地區經營、分屬不同稅務機關管理，因此，總分機構的主管稅務機關無法對其經營情況進行直接、全面、有效的檢查（稽查）。實行法人匯總納稅，客觀上要求總分機構主管稅務機關加強信息溝通，但由于國稅、地稅系統征管信息不在一個平臺上，目前很難做到。

（5）對總分機構情況缺乏事前監控。若總分機構不如實提供機構管理情況，可依照《稅收征管法》關于“不如實提供稅務資料”的有關規定，對其給予處罰。但這僅是事后的一種補救和懲戒措施，在事前沒有行之有效的監控辦法。

另外，新收入分配方式實施后，各級政府對總分機構高度關注。新《企業所得稅法》的實施激發了地方政府發展總部經濟的熱情。地方政府采取各種措施對轄區內的分支機構施加影響，以促其轉變成法人單位。這樣做的后果是干預納稅人的正常經營活動，引發國稅、地稅機關的征收管轄權爭議。

二、應納稅所得額計算中存在的問題

1．不征稅收入扣除問題。

不同于原企業所得稅法對收入僅有一個收入總額概念，新《企業所得稅法》明確提出了應稅收入、不征稅收入、免稅收入概念。其中，不征稅收入是指從性質和根源上不屬于企業營利性活動帶來的經濟利益，從稅收原理上應永久不被列入征稅范圍，主要包括財政撥款和依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金。

但是《企業所得稅法實施條例》第二十八條規定，企業的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。這一規定沒有區分支出性質，未能真正體現不征稅的精神。對企業而言，其取得的不征稅收入，主要是指國家規定專門用途并經國務院批準的財政性資金，其實質是政府對企業的一種捐贈。這種不征稅收入能在兩個環節帶來企業經濟利益的流入：一是在取得不征稅收入環節，企業無須付出對價，取得的過程即是經濟利益的凈流入；二是企業用這部分收入從事與生產經營相關的活動，帶來經濟利益的流入。如果納稅人將不征稅收入用于與取得應稅收入有關的支出，而不能按配比原則進行扣除，則必然造成對不征稅收入事實上的征稅。例如，國家對某企業撥款200萬元用于某項新產品的開發，該企業用該款項購置專用試制設備1臺，假定折舊年限為3年（不考慮凈殘值），試制過程中銷售試制產品取得銷售收入400萬元，發生除折舊之外的試制支出40萬元。則3年中因該筆業務企業應納所得稅為：（400－40）×25%＝90萬元。如果上述200萬元系其他企業捐助，則3年中企業因該筆業務應納所得稅為：（200＋400－200－40）×25%＝90萬元。由此可以看出，企業用征稅收入和不征稅收入支出，其應納稅額完全一致，不征稅的規定未能體現出來。

2．具體執行中合理性原則的困惑。

新《企業所得稅法》第八條和《企業所得稅法實施條例》第二*條在稅前扣除中提出了“合理”這一標準。合理性原則的適用是國際上的一般做法。企業發生的與取得收入有關的、合理的支出可依法得到充分補償。但對于合理性這樣一個相對模糊的概念，由于人的理解角度和知識背景等存在差異，征納雙方甚至征收管理機關內部，很容易產生截然相反的解釋，給新法的實施帶來阻礙。

國家稅務總局《關于印發新企業所得稅法精神宣傳提綱的通知》（國稅函〔20*〕159號）指出，對工資支出合理性的判斷，主要包括兩個方面：一是雇員實際提供了服務，二是報酬總額在數量上是合理的。實際操作中主要考慮雇員的職責、過去的報酬情況，以及雇員的業務量和復雜程度等相關因素。同時，還要考慮當地同行業職工平均工資水平。但是，并未對利用此項目避稅的不合理扣除作出規定，難以對企業股東以工資名義分配利潤或經營者不適當地為自己開支高工資等作出界定，制定懲罰措施。可見，在合理性的評判標準方面，需要進一步制定更具有可執行性的量化指標。此外，目前我國企業所得稅制仍未明確對職工數量的認定方法，對“在本企業任職或者受雇的員工”的界定并不明確。在實際操作中，對于使用勞務派遣企業提供的勞務人員應如何界定？對兼職人員工資是否應視作勞務費支出？存在一系列需統一征管口徑的問題。同時由于對職工數量的真實性難以確認，使以工薪總額14%為界的職工福利費支出扣除也同樣失去了準確計量的可能性。

3．福利費扣除問題。

新會計準則已取消職工福利費支出，統一在職工薪酬中核算。會計上要求企業在首次執行新會計準則時，將應付福利費轉入“職工薪酬－福利費”，同時規定應付福利費結余，上市公司可以結余沖減當期管理費用，非上市公司繼續按原有規定使用。稅法卻仍舊允許提取職工福利費。二者的不相吻合使企業無所適從，政策失去了得到真正執行的條件。

三、稅收優惠政策中存在的若干問題

1．若干企業所得稅優惠目錄尚未出臺。

《企業所得稅法實施條例》第八*條、第九十九條、第一百條提到的企業所得稅優惠目錄，除《國家重點支持的高新技術領域》、《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》外，其他稅收優惠項目執行標準仍未推出。因此，企業將不能及時享受到稅收優惠。

2．環境保護、節能節水項目企業所得稅優惠的管理問題。

《企業所得稅法實施條例》第八十八條規定，企業從事前款規定的符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第1年～第3年免征企業所得稅，第4年～第6年減半征收企業所得稅。這項規定存在的問題有：一是大型企業將環境保護、節能節水項目的產品，作為生產產品的原材料，不對外銷售，而是減少原材料外購量，其項目所得應如何確定；二是在程序上，某項目在啟動前，一般是先由管理部門對項目進行認定。認定后，企業再進行投資改造，然后竣工并取得生產經營收入。但在實際生活中，有許多企業是先進行投資改造，竣工并取得生產經營收入，后到管理部門認定項目，前后跨年度。在這種情況下，如何認定享受優惠政策的時間，成為需要明確的問題。

3．關于開發新技術、新產品、新工藝的認定和研發費用列支范圍問題。

新《企業所得稅法》規定對于企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定實行100％扣除的基礎上，按照研究開發費用的50％加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150％攤銷。《企業所得稅法實施條例》雖然明確了企業所得稅研究開發費用加計扣除優惠限定于開發新技術、新產品、新工藝，但仍存在幾個不明確的問題：一是對于開發新技術、新產品、新工藝的認定，應怎么認定、由誰認定；二是研究開發費用項目內容，即研究開發費用究竟應列支哪些具體費用；三是原來的關于技術開發費的相關規定如何適用。根據《財政部、國家稅務總局關于企業技術創新有關企業所得稅優惠政策的通知》（財稅〔20*〕88號）的有關規定，對符合條件的企業在1個納稅年度實際發生的技術開發費項目，按規定實行100%扣除基礎上，再按當年實際發生額的50%在企業所得稅稅前加計扣除。企業年度實際發生的技術開發費當年不足抵扣的部分，可以在以后年度企業所得稅應納稅所得額中結轉抵扣，抵扣的期限最長不得超過5年。但新《企業所得稅法》規定企業的上述研究開發費在計算應納稅所得額時可按照研究開發費的50％加計扣除，而對企業以前年度結轉技術開發費未抵扣額如何過渡處理，尚無明確規定。如果稅務機關無法有效地對納稅人計提這部分費用進行監管，一些企業就會以開發新技術、新產品、新工藝的名義，多計提研發費用或擴大計提范圍，從而產生關聯企業避稅的又一手段，即關聯企業一方委托另一方進行研發，按照新《企業所得稅法》的規定，對委托方而言可以享受加計扣除優惠，對受托方而言可以享受技術轉讓所得免稅或者其他技術類優惠。

4．固定資產加計扣除政策的銜接問題。

《企業所得稅法》第三十二條規定，企業的固定資產由于技術進步等原因，確需加速折舊的，可以縮短折舊年限或者采取加速折舊的方法。這里存在著與原稅法對固定資產折舊年限認定不一致的銜接問題。如，新稅法規定運輸工具、電子設備的最低折舊年限由5年分別縮短為4年和3年，那么此規定是否僅指20*年1月1日以后購買的設備？對以前購買的設備執行什么政策？另外，此規定目前無法操作。因為對由于技術進步、產品更新換代較快的固定資產，常年處于強震動、高腐蝕狀態的固定資產均并未明確具體范圍。

5．資源綜合利用政策問題。

《企業所得稅法實施條例》第九十九條規定企業所得稅法第三十三條所稱減計收入，是指企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源作為主要原材料，生產國家非限制和禁止并符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，減按90%計入收入總額。問題在于企業綜合利用資源所生產的產品，大多不對外銷售，而是繼續作為生產的原材料。如何合理確認相關收入，提出價格的核定、產品的計量等規定要求，成為在制定優惠目錄時必須考慮的問題。

四、新《企業所得稅法》征收管理中存在的問題

1．企業所得稅核定征收企業適用稅收優惠的問題。

《企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表》的填表說明指出：實行核定征收企業所得稅的納稅人，可以依法享受過渡期的稅收優惠、小型微利企業優惠、高新技術企業優惠和經稅務機關審批或備案的其他減免稅優惠。但是，這一規定與《企業所得稅核定征收辦法（試行）》的相關規定不銜接，在實際工作中難以操作。按《企業所得稅核定征收辦法（試行）》第四條規定，納稅人的收入或成本費用只有1項可以正確核算（查實、計算、推定）的適用核定應稅所得率征收方式；1項都不能正確核算（查實、計算、推定）的，適用核定應納所得稅額征收方式。按《企業所得稅法實施條例》規定，高新技術企業優惠應符合的條件包括：研究開發費用占銷售收入的比例不低于規定的比例，高新技術產品（服務）收入占企業總收入的比例不低于規定比例。這就要求納稅人的收入和成本費用均能夠準確核算，核定征收企業顯然不能符合這一要求。

2．企業清算的企業所得稅申報問題。

《企業所得稅法》第五十五條規定，企業應當在辦理注銷登記前，就其清算所得向稅務機關申報并依法繳納企業所得稅。《企業所得稅法實施條例》第十一條規定，清算所得是指企業的全部資產可變現價值或者交易價格減除資產凈值、清算費用以及相關稅費等后的余額。筆者認為，從1994年以來，由于沒有對企業清算作明確的征管規定，大部分企業注銷時沒有向稅務機關提交清算報告，實際上稅務機關很難對企業清算所得進行管理，企業注銷時稅收流失相當嚴重。