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就行政許可而言，行政許可法只是一部統一法典，此外，還有大量的單行法律、法規和規章。那么，單行法與統一法典之間關系如何？兩者的規定不一致時，應當如何處理？

行政許可法第83條第2款規定：“本法施行前有關行政許可的規定，制定機關應當依照本法規定予以清理；不符合本法規定的，自本法施行之日起停止執行。”但同時，該法又在第9條、第29條第2款、第42條第1款、第43條、第50條第1款、第54條第1款、第57條和第58條第1款共九處，允許特別法優先于行政許可法。這就說明，單行法只有與行政許可法保持一致才能繼續有效存在、發揮補充作用；行政許可法只給個別單行法以特別法的地位繼續存在，只為特別法優先于普通法原則安排極為有限的空間；并且，該法為單行法發揮補充作用設定了“依照法定”、“按照法律、法規規定”等法定接口，為特別法優先于普通法原則的適用設定了“除法律、法規另有規定外”等法定條件。

那么，行政許可法為什么要做上述設計和安排？

在法理上，處理和解決特別法與普通法之間的關系有一個基本的原則，那就是特別優先于普通法原則。這一原則，現在已經為我國立法法所確認。立法法第83條規定：“同一機關制定的法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章，特別規定與一般規定不一致的，適用特別規定?！?/p>

但是，我國的法制建設往往是先制定單行法，在問題積累或經驗成熟到一定程度后才進行整合，才著手制定統一法典的。統一法典的制定，使得原先已經存在的單行法成為特別法，新制定的統一法典本身就成了普通法。也就是說，原先已經存在的單行法與統一法典不一致的規定，并非有意識地特殊規定。其中，有的仍然有合理之處，在統一法典制定以后可以作為特別法繼續存在，但有的卻并不合理，是統一法典改革和整合的對象。同時，特殊規定也不能過多。否則，統一法典的作用就非常有限了，行政機關執法和公眾對法律的掌握也會有困難。

1990年制定的行政復議條例就存在這樣的問題。一方面，該條例是國務院制定的行政法規，不能改革原先已經在法律中規定的各種復議制度；另一方面，即使對能夠予以改革的行政法規、地方性法規和規章中關于復議的規定，也沒有進行全面的統一和改革。這樣，就使得我國的復議制度非常混亂和復雜，并沒有因為行政復議條例的制定而得到改善。

1996年制定的行政處罰法改變了上述模式。該法第64條第2款規定：“本法公布前制定的法規和規章關于行政處罰的規定與本法不符合的，應當自本法公布之日起，依照本法規定予以修訂，在1997年12月31日前修訂完畢。”有了這一概括性規定，那么除了該法條文中明文規定允許特別法優先行政處罰法的情況外，都要以行政處罰法的規定為準。1999年制定的行政復議法采用了行政處罰法的立法模式。它在第42條明文規定：“本法施行前公布的法律有關行政復議的規定與本法的規定不一致的，以本法的規定為準。”特別法優先于行政復議法必須有行政復議法上的準許性條款為前提。行政許可法正是沿著這一立法思路，來處理其與單行法之間的關系的。于是，法制得到了整合和統一。也就是說，同一領域的主要內容得到了統一，個別內容可以特殊形式存在；基本規則必須統一，具體規則可以個性形式存在。

立法上的上述整合，體現和實踐了鄧小平同志為我國法制建設所作的路徑選擇。建國后，我國長期以來并沒有注重法制建設，是鄧小平同志開創的改革開放事業啟動了我國的法制建設進程。在改革開放初期，“立法的工作量很大，人力很不夠”，因此鄧小平同志指出：“法律條文開始粗一點，逐步完善……修改補充法律，成熟一條就修改補充一條，不要等待‘成套設備’”。從單行法到統一法典，從行政處罰法到行政許可法，無不體現了這一法制進路。